Les bactéries ne sont pas un mot que l'on associe généralement à quelque chose de positif. Cela est sur le point de changer. La science du microbiome, relativement récente, s'efforce de découvrir les effets d'un écosystème invisible et très difficile à étudier, composé de billions de micro-organismes qui vivent dans l'intestin humain.

Aussi bizarre que cela puisse paraître, ce n'est pas si mal. La recherche montre que toutes ces bactéries, collectivement, agissent comme un organe vital supplémentaire. Leur étude nous aide à mieux comprendre certaines choses, comme la santé mentale et physique, les maladies, le système immunitaire, les performances sportives, le taux métabolique du corps humain, l'obésité et ses causes.

Il y a deux choses à garder à l'esprit : Premièrement, la science du microbiome est très récente. Elle remonte à 2005, au moment où le séquençage génétique de nouvelle génération a été inventé et où la métagénomique, qui nous permet d'étudier le matériel génétique récupéré directement à partir d'échantillons environnementaux, a vu le jour. Deuxièmement, bien que la science du microbiome progresse rapidement et que de nouvelles études soient publiées en permanence, il est très difficile d'étudier les communautés de bactéries à l'intérieur de l'intestin humain vivant. Il est encore plus difficile de tester des théories à leur sujet, car il faut prendre en compte les questions éthiques liées à l'inconfort du patient, voire aux dommages qu'il pourrait subir.

Commençons donc par les bases absolues. Les colonies de bactéries qui vivent dans notre intestin entretiennent une relation symbiotique avec nous. Cela signifie que lorsqu'elles sont en équilibre homéostatique avec le corps, elles travaillent dur pour nous maintenir en vie. Voici quelques informations de base sur les bactéries :

• Il existe entre 500 et 1 000 souches différentes de bactéries qui vivent à l'intérieur de nous. La combinaison exacte de toutes ces souches est différente pour chaque personne, mais la façon dont elles se combinent constitue une « empreinte » bactérienne qui peut identifier un individu de façon aussi unique comme les traces papillaires au bout de nos doigts.
• Les bactéries intestinales sont en fait appelées microbiote et ce terme couvre tous les micro-organismes et virus associés au tractus gastro-intestinal humain. Le microbiome désigne le patrimoine génétique (les gènes de toutes les bactéries, eucaryotes, archées et virus qui vivent en nous) du microbiote. C'est un peu comme si l'on parlait de l'ADN des insectes de notre intestin.
• Le corps humain compte environ 39 000 milliards de cellules bactériennes, ce qui signifie qu'il y a autant de cellules bactériennes dans notre intestin que de cellules dans le corps humain (environ 37 200 milliards de cellules). Les cellules bactériennes sont plus petites et plus légères et pèsent au total environ 200 g pour une personne moyenne de 70 kg.
• Le microbiome de chaque individu est en partie hérité de sa mère à la naissance, mais sa composition (c'est-à-dire le nombre de chaque souche bactérienne et sa taille), qui constitue l'empreinte microbienne unique de chaque individu, est façonnée par une foule de facteurs liés à l'environnement et au mode de vie, ce qui signifie que nous pouvons prendre des mesures pour l'améliorer.
• Les bactéries de notre intestin sécrètent un grand nombre d'hormones différentes. Les hormones sont des messagers chimiques qui circulent dans l'organisme et activent ou désactivent différents processus. Le cortisol, pour ne citer qu'un exemple, contrôle le stress, mais aussi la glycémie, le métabolisme, l'inflammation et la mémoire. Le cortisol est un messager chimique utilisé par les bactéries intestinales. La suggestion ici, étayée par les preuves actuelles, est que les bactéries de notre intestin jouent un rôle clé dans tout ce qui est affecté par les hormones, ce qui inclut à peu près tout.

Comment fonctionne le microbiome

Le sucre contenu dans notre alimentation, les fibres présentes dans les fruits et légumes que nous mangeons, les protéines de la viande et les glucides du pain et des pâtes sont tous décomposés et utilisés par les microbes de notre intestin. En fait, tout ce que nous considérons comme de la nourriture est transformé par les bactéries de notre intestin. Une partie est décomposée en nutriments qui peuvent ensuite être utilisés par d'autres organes du corps et une autre partie est consommée par les bactéries elles-mêmes afin qu'elles puissent se multiplier.

Des études ont montré que le microbiome dépend de la nourriture que nous mangeons et, dans une boucle de rétroaction complexe, sécrète des messages chimiques qui signalent à notre cerveau de créer des envies et de nous faire désirer des aliments spécifiques à des moments particuliers. C'est pourquoi nous pouvons avoir des fringales au milieu de la nuit et nous tourner vers un en-cas riche en sucre.

Pendant la grossesse, le microbiome féminin subit des modifications en prévision de l'accouchement, lorsqu'une partie de ses souches est transmise au nouveau-né. Les femmes enceintes sont réputées pour avoir des envies d'aliments particuliers et, jusqu'à présent, on ne savait pas vraiment pourquoi. Les modifications des colonies bactériennes de l'intestin qui se produisent pendant la grossesse modifient apparemment l'équilibre des populations bactériennes. Les populations bactériennes les plus importantes deviennent dominantes et peuvent alors exiger n'importe quel type d'aliment que cette souche bactérienne particulière transforme, ce qui entraîne des fringales.

Voici quelques-unes des choses que nous savons sur le fonctionnement du microbiome :

• Différents types de bactéries intestinales traitent différents types d'aliments. Paradoxalement, la nourriture que nous mangeons affecte également les types de bactéries intestinales qui se développent dans notre intestin. Comme les bactéries intestinales produisent ensuite les substances chimiques fondamentales qui régissent notre métabolisme et nos muscles, la nourriture que nous mangeons est directement liée à notre santé mentale, psychologique et physique.
• Le mauvais type d'aliments peut transformer les bonnes bactéries en mauvaises. Par exemple, le sucre raffiné favorise l'apparition d'une bactérie appelée Candida qui affaiblit la paroi de l'intestin. Cela permet aux bactéries de s'infiltrer dans la circulation sanguine et de se déplacer vers d'autres parties du corps où elles n'ont rien à faire. L'inflammation du cœur et des vaisseaux sanguins (maladies cardiovasculaires), les allergies et certains problèmes mentaux (comme la dépression) ont été associés à cette affection.
• Les bactéries intestinales sont en fin de compte responsables des substances chimiques qui créent la glycolyse (décomposition des glucides) et la production d'adénosine triphosphate (ATP) qui alimente chacune de nos cellules, génère de la force musculaire et alimente notre métabolisme qui, à son tour, contrôle la façon dont notre corps traite la nourriture, stocke les graisses et reste généralement en ligne. Pour que l'intestin soit en mesure de produire les nombreuses substances chimiques nécessaires à la réalisation de toutes ces tâches, il faut que les colonies bactériennes de l'intestin présentent un bon niveau de diversité. Pour cela, il faut que notre alimentation soit variée (nous y reviendrons un peu plus loin dans cet article).
• Un microbiome sain est associé à un meilleur contrôle émotionnel, plus d'énergie, des fonctions cognitives optimisées, un vieillissement plus lent, une meilleure santé cardiovasculaire, une meilleure qualité de sommeil et, globalement, une meilleure qualité de vie. Tout comme la levure vivante utilisée pour faire du pain, le microbiome a un rythme d'activité régulier et cyclique et nous le ressentons lorsque, à différents moments de la journée, notre flux d'énergie diminue, que nous nous sentons fatigués et que nous avons un brouillard cérébral.
• Comme tous les autres organes vitaux de notre corps, le microbiome peut être endommagé par les antibiotiques, les pesticides, les polluants environnementaux, les radiations (comme celles reçues dans le cadre de traitements médicaux) et une alimentation déficiente.

Le microbiome et notre santé

De nouvelles études mettent en évidence le rôle central que joue le microbiome dans notre santé et la manière dont les déséquilibres qu'il subit peuvent nous rendre malades. Un domaine en particulier, qui touche des centaines de milliers de personnes, est le syndrome de l'intestin irritable (SII), un trouble qui couvre de nombreux types de maladies et présente de nombreux symptômes différents. L'analyse des matières fécales des personnes souffrant du SII a révélé des anomalies constantes dans le microbiote qu'elles contiennent^[1].

L'activité de nos bactéries intestinales est liée à notre état psychologique et émotionnel. Le stress est une réponse émotionnelle qui s'exprime par des symptômes physiques, tous d'origine hormonale. Le stress peut nuire à l'organisme en déréglant le système immunitaire. Une étude cherchant à prouver le lien entre les bactéries intestinales et les états émotionnels, comme le stress, qui affectent ensuite le comportement, a transplanté chez des souris le microbiote fécal de patients souffrant du syndrome de l'intestin irritable. Les souris ont ensuite présenté les mêmes symptômes d'anxiété ^[2], de stress et de transit plus rapide des aliments dans l'organisme que les patients souffrant du syndrome de l'intestin irritable.

L'étude mentionne plusieurs signaux d'alarme liés à des déséquilibres dans les populations bactériennes^[3] de l'intestin et suggère que de nombreuses maladies modernes courantes pourraient être directement liées à ces déséquilibres une fois que des études plus approfondies auront été réalisées.

Voici quelques-unes des façons dont le microbiome influe directement sur notre santé :

• Le microbiome ne contrôle pas seulement notre appétit, mais, comme l'ont montré des études, il peut nous indiquer le type d'aliments à consommer pour satisfaire ses besoins. Il est donc possible que, dans les cas de surpoids, le remodelage du microbiome puisse entraîner une perte de poids ^[4] [5]. 
• L'apprentissage, la mémoire et la prise de décision peuvent être altérés par des changements dans la composition et la diversité du microbiome. Les changements bénéfiques peuvent conduire à une amélioration de la santé cognitive, tandis que les changements qui affectent négativement la physiologie du cerveau peuvent nuire à bon nombre de ses fonctions essentielles, en particulier avec l'âge^[6] [7]. 
• La réparation cellulaire, la vitesse de cicatrisation et l'inflammation dans les tissus et les organes du corps humain sont toutes régies par le flux et le reflux de populations bactériennes spécifiques dans notre intestin. L'influence du microbiome sur la guérison^[8] fait l'objet d'études visant à trouver des moyens d'accélérer la guérison en cas de traumatisme.
• La recherche suggère que le microbiome joue également un rôle central dans le processus de vieillissement (il fait lui-même partie des voies qui contrôlent le métabolisme), une modulation spécifique du microbiome conduisant à la longévité dans des essais sur l'homme et sur l'animal^[9]. 
• Des recherches récentes montrent que l'exercice d'endurance et les séances d'entraînement de haute intensité provoquent un certain nombre de réponses adaptatives de l'organisme, notamment la correction d'un déséquilibre électrolytique, une diminution du stockage du glycogène et l'augmentation du stress oxydatif, de la perméabilité intestinale, des lésions musculaires et de la réponse inflammatoire systémique. Cela modifie à son tour nos bactéries intestinales et produit un certain nombre de changements positifs au niveau du microbiome ^[10]. En outre, le microbiome lui-même, par le biais de types spécifiques de bactéries intestinales, semble influencer la VO2 max des individus, affectant directement leur forme cardiorespiratoire^[11]. 

Facteurs affectant la santé du microbiome

Tout comme les bactéries intestinales affectent le corps humain au niveau physique, mental et psychologique, elles sont à leur tour affectées par un certain nombre de facteurs d'origine humaine.

En 2015, 15 096 échantillons fécaux, oraux et cutanés de bactéries fournis par 11 336 personnes aux États-Unis, au Royaume-Uni, en Australie et dans 42 autres pays ont été analysés à l'aide d'une séquence génomique qui a permis aux chercheurs de rechercher des marqueurs génétiques spécifiques. Cette action est le résultat de l'American Gut Project mis en place par Rob Knight, Ph.D., de l'Université de Californie, en 2012 et dont l'objectif explicite était d'utiliser les nouvelles technologies pour examiner l'impact des bactéries intestinales sur la santé physique et mentale.

Les résultats, publiés dans la revue mSystems et rapportés dans Medical News Today, renforcent ce que d'autres études ont également indiqué. En effet, un microbiome sain nécessite une diversité bactérienne et, pour ce faire, nous devons manger jusqu'à 30 types de plantes différentes chaque semaine. Étant donné que les méthodes modernes de production alimentaire utilisent des pesticides et des antiobiotiques qui affectent l'équilibre du microbiome, les régimes alimentaires composés d'aliments biologiques donnent des résultats mesurables en termes de santé et de diversité des bactéries intestinales.

En outre, l'exercice^[12] semble également jouer un rôle dans la modification du microbiome, tant au niveau de sa composition que de sa fonction. Ces résultats concernent aussi bien les personnes maigres que les personnes en surpoids^[13]. 

Symptômes d'un microbiome malsain

Un grand nombre de personnes souffrent d'un déséquilibre de leur microbiome, mais les symptômes ne sont pas suffisamment invalidants pour justifier une inquiétude sérieuse, de sorte que la plupart d'entre nous les ignorent et apprennent à vivre avec l'inconfort. Si ce déséquilibre n'est pas traité suffisamment longtemps (et cela peut prendre des années), il entraînera des problèmes de santé et des maladies plus graves, l'obésité, un vieillissement prématuré et une dépression profonde. Si votre microbiome ne peut plus faire ce qu'il est censé faire (produire les hormones nécessaires et protéger votre système immunitaire), vous aurez peut-être besoin de médicaments pour le faire à votre place à l'avenir.

Si votre microbiome a été endommagé par une mauvaise alimentation et/ou par une cure d'antibiotiques, vous pouvez présenter les symptômes suivants.

• Difficulté à perdre du poids.
• Fatigue chronique, incapacité à se concentrer, brouillard cérébral.
• Irritabilité et/ou dépression.
• Problèmes digestifs — ballonnements chroniques, diarrhée et/ou constipation.
• Problèmes de peau, eczémas.
• Susceptibilité aux infections.

Comment corriger un microbiome malsain ?

Le microbiome intestinal est un organisme vivant, un ensemble de bactéries, bonnes et mauvaises. Dans un organisme dont le microbiome est équilibré, les bonnes bactéries sont plus nombreuses que les mauvaises et le type de bactéries est globalement diversifié. L'un des moyens de réparer un microbiome endommagé consiste à utiliser des antiobiotiques puissants pendant un certain temps afin de stériliser complètement l'intestin, puis d'y introduire de nouvelles cultures bactériennes par une transplantation fécale (c'est exactement ce à quoi cela ressemble) qui permet de créer une culture bactérienne plus équilibrée, à partir de zéro. Heureusement, il existe d'autres méthodes pour y parvenir dans un environnement domestique sans avoir à recourir à de telles mesures.

Essayez le jeûne intermittent. Il affecte le microbiome ^[14] et réduit la tension artérielle, le cholestérol et l'inflammation dans le corps. Il accélère la réparation des cellules, aide à la perte de poids ^[15] et semble même contribuer à la longévité.

Mangez bio, dans la mesure du possible. L'achat d'aliments biologiques étant onéreux, la meilleure solution consiste à éplucher les fruits et légumes chaque fois que cela est possible, afin d'éliminer une partie des résidus de pesticides. Choisissez également davantage de fruits et de légumes issus de ce que l'on appelle les « Clean 15 », c'est-à-dire des aliments qui contiennent naturellement moins de pesticides en raison de l'utilisation réduite de ces derniers dans le cadre de leur processus de culture intensive :

• Avocat
• Maïs doux
• Ananas
• Chou
• Onion
• Petit pois
• Papaye
• Asperge
• Mangue
• Aubergine
• Melon Honeydew
• Kiwi
• Cantaloup
• Chou-fleur
• Brocoli

Lorsque votre budget le permet, achetez les fruits et légumes suivants au rayon bio de votre supermarché, car il a été démontré que les fruits et légumes non bio contiennent des quantités plus importantes de pesticides :

• Fraises
• Épinard
• Nectarines
• Pommes
• Raisins
• Pêches
• Cerises
• Poires
• Tomates
• Céleri
• Pomme de terre
• Poivrons

Ajoutez des aliments probiotiques et prébiotiques à votre régime alimentaire. Ils peuvent aider à modifier les populations de bactéries intestinales et à augmenter la diversité des types de bactéries dans l'intestin^[16] ]. Cela permet au microbiome de rester en bonne santé.

Évitez de vous fier aux probiotiques sous forme de pilules, dont les résultats sont mitigés, et optez plutôt pour des sources plus naturelles^[17]. Les meilleures sources de probiotiques naturels sont les aliments fermentés contenant déjà des bactéries vivantes. La plupart des produits achetés en magasin ont déjà été pasteurisés pour augmenter leur durée de conservation. Malheureusement, la pasteurisation élimine toutes les bactéries, bénéfiques ou non, de sorte qu'ils ne contiennent pas de probiotiques (probio signifie "vivant").

La meilleure façon d'ajouter de bonnes cultures vivantes à votre microbiome (qui aideront ensuite les bactéries existantes à se multiplier et à prospérer) est de les fabriquer à la maison. Les deux produits les plus faciles à fabriquer sont le kéfir et la choucroute (chou lacto-fermanté). Vous aurez besoin de graines de kéfir ou de cultures de départ vivantes (elles peuvent être achetées en ligne - vous pouvez également demander à une laiterie locale de vous en donner) pour fabriquer du kéfir à la maison par fermentation du lait. La choucroute est obtenue en faisant fermenter du chou avec un peu de sel et plusieurs jours de fermentation à température ambiante. D'autres probiotiques bien connus sont le kimchi, le yaourt, le fromage, le kombucha et le miso. Tous les probiotiques doivent être préparés à la maison afin de préserver les cultures qu'ils contiennent. Les directives sanitaires relatives aux aliments commerciaux exigent la pasteurisation de ces produits, faute de quoi ils ne peuvent être vendus.

Tous les aliments riches en fibres sont prébiotiques (prebios signifie « avant la vie »). Ils constituent le meilleur type de nourriture pour votre microbiome et aident les « bons éléments » à se multiplier et à prospérer. Voici quelques-uns des meilleurs prébiotiques que vous pouvez consommer quotidiennement pour avoir un intestin sain :

• Poireau, ail et oignon
• Pommes et bananes pas trop mûres
• Tomates, concombres et carottes
• Avoine, orge et sarrasin
• Haricots et lentilles
• Graines de lin et de citrouille
• Maïs soufflé / Pop corn

Remarque : les fruits et légumes fibreux crus sont toujours meilleurs car ils contiennent plus de fibres que les fruits et légumes cuits. Néanmoins, même cuits, ces aliments contribueront à la santé de vos intestins.

Buvez de l'eau filtrée. Évitez de boire de l'eau directement du robinet, car elle contient des traces de chlore qui peuvent nuire à l'équilibre de votre flore intestinale. L'eau filtrée semble également être meilleure pour la santé du microbiome^[18], ce qui contribue à réduire l'inflammation intestinale et à maintenir des selles saines et régulières.

Réduisez votre consommation d'alcool. C'est un facteur qui aide le microbiome à récupérer^[19] des déséquilibres induits par l'alcool dans sa population de bactéries, ce qui lui permet ensuite de maintenir un système immunitaire plus efficace.

Réduisez la consommation de produits animaux non biologiques. Des études récentes ont montré que les animaux d'élevage qui consomment régulièrement des antibiotiques (même lorsqu'ils ne sont pas malades) grossissent et s'engraissent. Il est plus rentable de faire grossir les animaux en moins de temps. Malheureusement, la viande que nous achetons contient des traces des mêmes antibiotiques que ceux que les animaux reçoivent. Lorsque nous consommons la viande, nous recevons également, à des doses plus faibles, les mêmes antibiotiques tueurs de bactéries que ceux administrés aux animaux. L'idée est que ces doses plus faibles d'antibiotiques, cumulées, nous affecteront de la même manière, nous faisant grossir et grossir. La viande, les produits laitiers et les œufs certifiés biologiques ne sont pas à la portée de toutes les bourses, de sorte qu'il n'est peut-être pas réaliste de les remplacer par des produits comparables dans les mêmes quantités. Il peut donc être judicieux de limiter les quantités de viande, de produits laitiers et d'œufs que nous consommons et de voir si cela fait une différence dans la façon dont nous nous sentons.

Mangez plus de 30 types d'aliments différents chaque semaine. Manger une grande variété d'aliments différents permet de cultiver une flore intestinale diversifiée. Il est recommandé de manger au moins 30 variétés différentes chaque semaine pour maintenir un microbiome sain et équilibré. Privilégiez les aliments riches en fibres — légumes, fruits et céréales — et veillez à inclure tous les groupes d'aliments. Le seul type d'aliment à limiter est le sucre. Limitez également ou excluez complètement tout aliment trop transformé, car il n'a pas la valeur nutritionnelle de son équivalent biologique et ne fera qu'affamer votre microbiome : le pain et les en-cas des supermarchés, les céréales du petit-déjeuner, les conserves, les plats préparés, le jambon et les saucisses, les boissons sucrées et le ketchup sont quelques exemples à éviter. Préparez vos repas à la maison avec des aliments aussi proches que possible de leur état naturel.

Dormez suffisamment. Le manque de sommeil et un sommeil de mauvaise qualité ont été cités comme des causes de perturbation de l'équilibre du microbiote dans un certain nombre d'études ^[20] et ont montré que cela avait un impact sur la façon dont le corps gère l'insuline, prend du poids et lutte contre les maladies. Un sommeil de mauvaise qualité a également été mis en cause dans l'augmentation des populations de mauvaises bactéries dans l'intestin et dans l'incidence de la fatigue chronique^[21]. Un nombre suffisant d'heures de sommeil de bonne qualité est directement bénéfique pour le corps et l'esprit, qui en profitent pour réparer leurs structures de base, reconstituer leurs réserves d'énergie et rafraîchir les connexions qui leur permettent de fonctionner correctement.

Bougez. L'exercice de haute intensité produit des réponses d'adaptation dans tout le corps et nous affecte au niveau cellulaire. Il aide également le microbiome à atteindre une plus grande diversité de populations bactériennes^[22] en inhibant la croissance des mauvaises bactéries dans l'intestin et en favorisant la croissance des bactéries qui nous sont plus bénéfiques. Il a été constaté que même des niveaux modérés d'exercice physique affectent le microbiome, qui libère alors des hormones affectant le fonctionnement du cœur^[23].

Vue d'ensemble du microbiome

Il est clair que le microbiome est le chaînon manquant entre la santé et la nutrition et la raison pour laquelle tant de nos fonctions mentales et psychologiques peuvent s'altérer avec le temps. Il est prouvé qu'un régime alimentaire à base de produits biologiques et une activité physique intense sont associés à un microbiome diversifié et sain. Mais les choses sont loin d'être simples. Les liens de causalité ne sont pas toujours linéaires ou immédiatement évidents, mais il est impossible de les ignorer.

Sources